Dans le lit ensemble, Rigsby et Van Pelt reçoivent tour à tour un appel de Lisbon leur demandant de les rejoindre sur une scène de crime. Alors qu’il arrive sur les lieux du crime, Jane reçoit un appel de Bosco qui veut lui parler au sujet de l’affaire John Le Rouge.
Un cimetière est le lieu du crime du Docteur Towlen Morning. L’homme est nu. Son anatomie la plus intime est quant à elle recouverte d’un bouquet de roses jaunes. Lorsque le médecin légiste apprend à l’équipe que le corps a été congelé avant d’être déplacé dans le cimetière, Jane en conclut qu’il s’agit d’une mise en scène délibérée servant à transmettre un message.
Au bureau du CBI, Lisbon et Jane rejoignent Cho qui se dirigent vers le bureau de Bosco. En entrant dans le bureau des cafés à la main, Rebecca pousse un horrible crie à la vue de Bosco et des membres de l’équipe criblés de balles et couverts de sang. Deux des agents sont morts et Bosco respire encore. Lisbon lui fait alors un massage cardiaque. Cho fait verrouiller tout le bâtiment. Jane semble abasourdi par l’horrible scène.
Flash back 24 h en arrière. Lisbon surprend Bosco et son collègue Hicks qui ont piqué à manger dans le frigo du CBI. Rebecca menace Bosco de tout avoué à sa femme sur le fait qu’il ne suit pas son régime.
De retour dans le présent, on voit Bosco sur un brancard pour être transporté à l’hôpital. Alors que Jane semble sous le choc, il fait remarquer à Lisbon que Hicks n’est pas avec les autres. Lisbon s’apprête à demander à Cho de savoir où se trouve Hicks quand Jane lui fait remarquer qu’elle devrait d’abord se nettoyer car elle est couverte de sang.
On retrouve ensuite Lisbon en train de nettoyer son chemisier dans les toilettes. Elle nettoie ensuite la tâche de sang qu’elle a sur son visage et l’on comprend alors sa détermination à trouver qui a pû faire ça.
Cho et Lisbon vont ensuite questionner Rebecca. Celle-ci leur apprend que Bosco travaillait sur une affaire du cartel de la drogue. Jane arrive et demande qu’elle est l’identité du corps retrouvé plus tôt dans la journée. Lisbon lui dit que l’identité du corps n’est pas une priorité.
Entre-temps, Van Pelt a rejoint un agent de la sécurité pour visionner les allé et venu au CBI. Rigsby les rejoint. Mais Van Pelt réalise très vite que le firewall de l’ordinateur a été piraté et qu’ils n’ont pas les bons enregistrements de l’entrée de l’immeuble.
Lisbon quant à elle continue de suivre les informations sur le cartel de la drogue, quant elle est interrompue par Minelli. Il l’informe que les blessures de Bosco sont très graves et qu’elle doit se préparer au pire. Il veut aussi savoir si Lisbon saura mettre ses sentiments de côté dans cette affaire. Elle l’assure que oui.
Cho et Lisbon discutent une nouvelle fois des informations sur le cartel de drogue arménien pour savoir si ça pourrait avoir un rapport avec l’attaque du CBI. Jane les interrompt de nouveau et veut savoir l’identité du mort. Comme Lisbon voit Jane troublé, celui-ci lui dit que c’est probablement lié à l’attaque contre le CBI. Cho vérifie la base de données médico-légale et apprend que le nom de la victime est le Dr Towlen Morning. Jane semble reconnaître le nom et quitte rapidement le bureau. Lisbon et Cho se mettent à le suivre.
Jane va directement à l'emplacement du bureau du médecin. Lisbonne et Cho ne sont pas loin derrière. Jane aperçoit posé sur une chaise un bouquet de fleurs jaunes dans un vase. Il prend rapidement la serrure et se dirige vers la salle d'examen. Comme il est sur le point d'entrer dans la salle, il s'arrête soudainement et semble choqué par quelque chose. Il s'agit d'un petit visage souriant peint dans ce qui semble être du sang. Comme Jane ouvre la porte, il peut entendre la musique en arrière-plan. Il s’agit d’un morceau de Bach « Le prélude 1 en Do majeur ». Il s’agit du même morceau joué par Rosalind Harker dans le dernier épisode la saison 1. Harker avait une relation amoureuse avec John Le Rouge et avait dit à Jane que Bach était le compositeur préféré de John Le Rouge. Jane continue dans la chambre et trouve le corps de l'agent Hicks allongé sur une table d'examen. Lisbonne et Cho arrivent enfin et voit ce que Jane a découvert.
A l’extérieur de l’immeuble, Cho, Lisbon et Jane discutent de ce nouveau développement dans l’affaire John Le Rouge. Jane semble intrigué mais il réalise très vite que le Docteur Towlen Morning était le médecin de famille des victimes trois et quatre de John Le Rouge 9 ans plutôt. Les noms des victimes étaient Carter et Janet Peak. Le corps de Carter Peak n'a jamais été retrouvé. Jane émet alors l’hypothèse que ce corps a disparu qu’il s’agissait d’une erreur de John le Rouge et qu’il devait y avoir de l’ADN dessus. Lisbon demande à Cho de regarder tous les dossiers du Docteur sur les deux victimes.
Pendant ce temps, au siège de CBI, Minelli donne une conférence de presse sur les événements de la journée.
Jane quant à lui se rend à l’hôpital pour voir Bosco. Une infirmière l’informe que le diagnostique n’est pas bon. Jane demande si Bosco a beaucoup de douleurs et demande des précisions quant à la morphine. Jane ruse en fait pour savoir qu’elle le cordon relié à la machine pour la pompe à morphine. Il souhaite en fait débrancher cette prise.
Lisbon entre dans la chambre de Bosco. Elle comprend ce que Jane souhaite faire et n’est pas du tout contente. Lisbon accuse Jane d’être un homme froid. Jane lui dit que c’est ce que Bosco voudrait afin de raconter ce qu’il sait sur l’affaire. Le médecin entre à nouveau dans la chambre de Bosco et demande qui a débranché la pompe à morphine. Jane dit que ce n’est pas lui et sort.
Jane retourne au CBI. Cho et Van Pelt ont trouvé des informations dans le téléphone de Bosco. Apparemment, Bosco avait été en contact avec les autorités dans une autre ville où un corps a été retrouvé enterré dans le béton. Les radiographies du corps correspondent à ceux trouvés dans le bureau du Dr matin. Il s’agit du corps de Carter Peaks. Jane se rend compte que c'est une erreur que Red John avait fait quand il a tué Carter Peak et donc retirés de son corps afin de couvrir tout élément de preuves incriminantes. Jane et Cho vont aller récupérer le corps.
Ils vont à la morgue dans la ville où le corps a été trouvé. Lorsque le médecin ouvre l'armoire où le corps est censé être conservés, il est vide. Il vérifie les entrées du journal et raconte Jane et Cho que le corps avait déjà été récupérées par un agent nommé Rojo du CBI. Jane et Cho se rendre compte que c'est un nom fictif et que le corps et autres éléments de preuve a probablement été éliminés par Red John. Jane demande au docteur qu’il décrive la personne qui est venue récupérer le corps.
Lisbon est dans le bureau de Minelli. Il semble vouloir lui dire quelque chose d’important lorsque Van Pelt entre. Elle dispose d'un ordinateur portable avec appareil photo des images à partir du moment autour de la fusillade. C'est une image d'un employé qui est en congé de maternité et ne pouvait pas avoir été dans l'image à l'heure sur l'appareil photo. Toutes les séquences vidéos ont été altérées.
Le docteur décrit une femme avec une barrette dans les cheveux, une personne marchant avec des talons hauts et faisant beaucoup de bruit.
Dans une scène en flash-back on voit une femme qui s’approche de la chambre de Bosco. Elle a des ballons dans la main. Elle s’approche de Bosco lui chuchote quelque chose à l’oreille alors qu’il est toujours inconscient. On voit ensuite la scène de la fusillade dans le bureau de Bosco. Rebecca arrive un panier à provisions. Puis elle enlève du panier une arme et tire sur Bosco et son équipe. De retour dans le présent, on voit Rebecca qui se saisit de la même arme et s’apprête à tirer sur Bosco. Lisbon et Van Pelt arrivent à temps pour désarmer Rebecca et la place en garde à vue. Bosco se réveille à ce moment là.
Rebecca et Jane sont en salle d’interrogatoire. Ils sont assis l’un en face de l’autre. Il y a une période de silence. Enfin, Jane rompt le silence et demande à Rebecca quel est son genre de musique préférés. Rebecca détourne la question. Jane se demande comment elle pouvait faire des choses aussi horribles pour John Le Rouge. Jane lui dit qu'elle avait eu une enfance malheureuse, a été agressée sexuellement par un proche parent, qu’elle s’auto-mutilait et s’auto-médicamentait. Il continue son profil psychique et lui dit que John Le Rouge a comblé un trou noir dans ses besoins affectifs, mais qu'elle est réellement un «objet» pour lui dont il se sert. Elle dit à Jane que John Le Rouge a la mission d ' «amour» et «lumières». Elle dit qu’elle ne dira jamais rien contre John Le Rouge. Elle est ensuite conduite en prison.
Rebecca marche accompagnée de deux gardes en direction de sa cellule. Tout en s’avançant elle sourit car il semble qu’elle ait reconnu quelqu’un qui se dirige en face d’elle. Alors qu’elle continue de sourire, l’individu lui touche la main et lui applique un gel vert. En quelques instants, elle perd conscience et tombe sur le plancher. Jane entend le vacarme et court vers la scène où il trouve une Rebecca morte. Il voit sa main et la mousse dans sa bouche et se rend compte qu'elle a été empoisonnée. Jane en colère tape avec son poing sur le mur.
Lisbon est au chevet de Bosco. Elle lui dit que tout va s’arranger. Bosco lui dit qu’il veut la vérité sur son état de santé. Elle admet que le médecin ne pense pas qu'il va survivre. Bosco dit alors à Lisbon qu'il l'aime et elle répond qu'elle l'aime aussi. Bosco demande ensuite à parler à Jane.
Bosco dit à Jane que John Le Rouge fait des erreurs et c’est pour ça qu’il pourra l’attraper. Bosco demande une faveur à Jane. Il ne veut pas qu’il arrête John Le Rouge mais qu’il le tue. Jane répond que tel est son plan. Bosco chuchote quelque chose à l’oreille de Jane sous les yeux de Lisbon. Lisbon entre dans la chambre au moment où Bosco meurt.
Une semaine après l’enterrement de Bosco, Minelli fait ses adieux à Lisbon. Il lui dit qu’il a décidé de prendre sa retraite.
Lisbon entre dans la pièce où Jane est assis sur le canapé. Elle lui demande ce que Bosco lui a chuchoté à l’oreille. Toute l’équipe va ensuite boire un verre de téquila en l’honneur et à la mémoire de Bosco.
Dans la scène finale, Jane ouvre une boîte où il est écrit « John Le Rouge » et étudie les documents qui s’y trouvent.
Fin...